Firmaet Koenigsegg blev grundlagt i 1994 af Christian von Koenigsegg, som havde ideen om at bygge superbiler i verdensklasse. Baseret på Formel 1-teknologi var bilen nødt til at være en 2-personers med en midtercentreret motor. Det oprindelige design var baseret på designet af Sven-Harry Åkesson, kaldet Sethera Falcon. Den første producerede bil (CC8S) brugte en V8 motor, bygget af Ford. På de seneste modeller (CCR og CCX) blev en motor, der er bygget af Koenigsegg selv, brugt.

Von Koenigsegg fik ideen til at bygge sine egne biler efter at have set den norske film Bjergkøbing Grandprix i sin ungdom. Imidlertid tog von Koenigsegg sine første skridt i forretningsverdenen, da han var først i tyverne. Dette firma, Alpraaz i Stockholm, som Von Koenigsegg på daværende tidspunkt stod i spidsen for, havde megen succes. Grundet den store succes, fik von Koenigsegg de fornødne finansielle muligheder til at starte sin karriere som bilbygger.

En Koenigsegg CC prototype var først produceret i 1997, mens produktionen var gjort færdig til Paris Motor Show i år 2000. Den første kunde fik en rød Koenigsegg CC8S i år 2002, ved Geneva Auto Show og fire biler til blev bygget det år. Koenigsegg var etableret i Asien senere det år med en premiere på en ny bil på Seoul Auto Show. I 2004 blev den nye CCR vist frem ved Geneva Auto Show.

Den 22. februar 2003 brændte en af Koenigseggs produktionsbygninger ned til grunden. Ilden blev slukket ved hjælp af 40 brandbiler fra fire forskellige brandstationer. Omkring 15 Koenigsegg-biler, karosseridele, maskiner og motorer var reddet fra branden, før branden kom ud af kontrol. Grunden til branden var en kortslutning i køkkenets opvaskemaskiner, som spredte sig op på loftet, som var isoleret med hø. På den samme dag bragte Koenigsegg bilerne i ly i en nærtliggende svensk lufthavn, nær byen Ängelholm, som ligger i den sydvestlige del af Sverige. Efter nogle få dage besluttede von Koenigsegg at de ville genopbygge den bygning, som var brændt.

Koenigsegg-emblemet var designet af Jacob Låftman i 1993 og er baseret på skjoldet af Koenigsegg-familien. Skjoldet har været familiens våbenskjold siden det 12. århundrede, da en af familiens medlemmer blev slået til ridder af den tyske del af det romerske imperium.